GEL-ARMS基于电泳的基因分型技术
II. GEL-ARMS基因分型原理
GEL-ARMS分子标记是一种创新的SNP或InDel基因分型技术。其引物组由5条引物构成，包括两个通用的接头引物(adapter primers),两个等位基因特异的ARMS引物(amplification refractory mutation system)和一个通用的反向引物。其中两个通用的接头引物(AP-1和AP-2)长度不一，其中AP-2序列中有4bp碱基插入(5'-XXXX-3’);两个等位基因特异的AMAS引物(ARMS-1和ARMS-2)由等位基因特异性序列(Allele-specificsequences,AS-sequences)和5'端特异的接头序列(Tail1和Tail2)组成。
本试剂包含两个通用的接头引物(adapter primers)(AP-1和AP-2)，Taq酶，镁离子，dNTP，buffer等。根据特定SNP位点设计两个等位基因特异的AMAS引物(ARMS-1和ARMS-2)并加接头序列(Tail1和Tail2)，以及一个通用的反向引物合成即可。
图1 GEL-ARM引物设计原理
案例：
III. 注意事项
1. 为提高分型成功率，上游分型引物终浓度应≤300nM；推荐浓度为100~200nM；
2. 试剂盒-20 °C避光保存。避免长期放置于4°C 或室温条件下。
3. 轻柔颠倒离心管数次以使试剂混合均匀，避免产生泡沫，短暂离心后备用。
4. 尽量使用无菌的蒸馏水。
IV. 实验步骤
1. 解冻并轻柔混匀试剂盒中的PCR Mix。短暂离心使管中试剂集中于底部，冰上保存。
2. 按照下表内容，在冰上准备 PCR反应液。
| 添加组分 | 加量（2μl 体系） | 加量（10μl 体系） |
| DNA Template | 5 ng – 50 ng | 25 ng – 250 ng |
| GEL-ARMS 2x PCR Mix | 1 μl | 5 μl |
| 上游分型引物F1（10μM） | 0.02 μL | 0.1 μL |
| 上游分型引物F2（10μM） | 0.02 μL | 0.1 μL |
| 下游通用引物R（10μM） | 0.06 μL | 0.3 μL |
| 补水至2μL | 补水至10 μL |
3. PCR反应条件
| step 1 | 预变性 | 95℃ | 10 min | 1 循环 |
| step 2 | 降落PCR | 95℃ | 15s | 10 循环（伯乐pcr仪为9循环） |
| 61→55℃,-0.6℃/循环 | 45 s | |||
| step 3 | 扩增 | 95℃ | 15 s | 52循环（伯乐pcr需减1循环） |
| 55℃ | 45 s | |||
| step 4 | 读板 | 30℃ | 30 s （read） | 1 循环 |
l 表格中的循环数仅供初步参考，实际 DNA模板浓度 和 引物效率 会影响实际需要的循环数.
l 还没上过机的新合成引物，首次上机时，一般设置循环数为28，然后根据分型情况，每加4个循环分析一次分型情况，直至找到最理想的分型循环数。