SNP介绍及其应用
SNP(SingleNucleotidePolymorphisms)是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,在群体中的发生频率不小于1%。包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。SNP在动物基因组中分布广泛,每一个核苷酸发生突变的概率大约为10-9。由于选择压力,SNP在单个基因、整个基因组中以及种群间的分布是不均匀的。
SNP分析技术按其研究对象主要分为两大类,即:一是对未知SNP进行分析,即找寻未知的SNP或确定某一未知SNP与某遗传病的关系。但这些方法只能发现含有SNP的DNA链,不能确知突变的位置和碱基类别,要想做到这一点,必须对那些含有SNP的DNA链进行测序。二是对已知SNP进行分析,即对不同群体SNP遗传多样性检测或在临床上对已知致病基因的遗传病进行基因诊断。由于人类基因工程的带动,许多物种都已开始了基因组的项目,并建立了大量数据库,比较这些来自不同实验室不同个体的序列,就可以检测到SNP。
固德生物for KASP FLu-Arms技术优势
针对已知 SNP 进行分析, FLu-Arms方法和KASP等竞争性等位基因特异性PCR类似(Competitive Allele Specific PCR),对目标SNPs和InDels进行精准的双等位基因分型。通过两个位点特异探针以及2个荧光探针来检则多个SNP位点,以及利用开发的全自动一体化DNA抽提、荧光定量PCR工作平台,快速检测大量SNP位点,在医学、农学检测方面 FLu-Arms都有非常好的应用。
· 检测成本低;不需要每个SNP位点都去合成特异的荧光引物,它基于自己独特的ARM PCR原理,让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增,这大大降低了试剂成本。合成的探针可用于上千样本的检测。
· 检测时间短;全自动的工作平台及超大通量,使得实验最短的时间内完成检测。
· 检测通量高;自动一体化DNA抽提、荧光定量PCR工作平台,使得能够批量操作96通道或384通道样品,处理及加样的一致性较好,实现大量样品及位点检测。
· 结果准确分型:基于终端荧光读取判断,每孔采用双色荧光检测一个样本的一个位点可能的两种基因型,不同的SNP模板对应不同的荧光产物。所以这项技术的准确度与金标准Taqman一致。
· 一站式服务:从提供生物样本开始,进行探针设计、DNA抽提、检测到分析结果。提供省心省力的一站式服务。
SNP检测流程
引物设计与验证--DNA提取--反应体系制备---PCR上机--荧光读取和数据分析
FLu-Arms技术介绍
完全标准化的PCR扩增程序
step 1 | 预变性 | 95℃ | 1 min | 1 循环 |
step 2 | 降落PCR | 95℃ | 5 s | 9 循环 |
63.4→57℃ -0.8℃/循环 | 15 s | |||
step 3 | 扩增 | 95℃ | 5 s | 35 循环 |
57.5℃ | 15 s | |||
step 4 | 读板 | 16℃ | 20 s (read) | 2 循环 |
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