SNP分型新策略-KASP法
一、方法介绍：
KASP（KompetitiveAlleleSpecificPCR），即竞争性等位基因特异性PCR，可针对绝大多数基因组DNA的SNPs和特定位点InDels，进行非常准确的双等位基因评分。
二、检测原理
KASP法是用2个荧光探针、2个通用淬灭探针，再加多个位点特异探针来检测SNP位点，该技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels。原理上类似Taqman检测，基于终端荧光读取判定，每孔采用双色荧光检测一个样本的一个位点可能的两种基因型，而不同之处在于，它不需要每个SNP位点都去合成特异的荧光探针，它可基于ARMPCR原理，让所有的位点检测最终都使用通用荧光引物扩增，这大大降低了试剂成本，在有金标准的准确检测同时，又降低了使用成本，比Taqman法检测还具有更好的位点适应性，所以在医学、农学检测方面，KASP都有非常好的应用前景。具体原理如下：
第1步：设计2个SNP引物，各对应于一个等位基因，如下图:Allele1引物3'末端是C；allele2引物3'末端是A；Allele1引物5'末端是F标签序列；allele2引物5'末端是H标签序列。
第2步：第一轮PCR，变性模板会与可互补的（3'末端能配对的）特异性PCR引物进行退火，并发生扩增，这步完成SNP识别，如下图所示。
第3步：第2轮PCR扩增，扩增出带有标签序列的PCR产物，这步完成把通用标签序列引入与SNP对应的PCR产物。
第4步：经过接下来几轮的PCR扩增，一方面淬灭探针被切碎，另一方面荧光探针更多地退火到新合成的、没有淬灭基团的互补链上，发出荧光。
三、技术特点：
1）优异的准确性和检测效果：准确性＞99、8%；
2）超强的灵活性：支持低、中、高通量的检测及个体重复；
3）低成本：无需昂贵的标记探针，较低的DNA样本量。
四、结果展示：
对SNP位点(A/G)设计引物，对30个材料进行KASP分型验证，结果如下图所示:
红色:纯合类型1，基因型为A:A；蓝色:纯合类型2，基因型为G:G；绿色:杂合类型，基因型为G:A。
五、客户提供材料：
1）请提供血液、组织或DNA及准确基因名称ID、序列和详细的SNP位点信息。
2）血液：样品需用EDTA抗凝，总量≥1.5ml，于－20℃或－80℃保存。
3）组织：新鲜组织、石蜡包埋组织或95%乙醇中固定组织，总量≥15mg。样品－80℃保存以保证样品质量。
4）基因组DNA：浓度≥20ng/μl，体积≥25μl。所需样品量根据实验要求做相应调整。